De Alliantie is opgericht in juni 2001 en ontstaan uit een fusie van vier woningcorporaties. De corporaties waren de Dageraad in Amsterdam, SCW uit Amersfoort, Atrium uit Hilversum en Groene Stad Almere in Almere. In 1996 werd daar nog PWV Wonen uit Amsterdam aan toegevoegd.

De voornaamste reden voor de fusie het matchen van taken en middelen. De fusiepartners zijn na de fusie blijven bestaan als lokale werkmaatschappijen van de Alliantie met een hoge mate van zelfstandigheid en beslissingsbevoegdheid, ieder met een eigen directeur.

Om de herkenbaarheid te vergroten zijn op 1 januari 2006 de namen van de werkmaatschappijen gewijzigd in resp. de Alliantie Amsterdam, de Alliantie Eemvallei, de Alliantie Gooi en Vechtstreek en de Alliantie Flevoland.